Само собою разумеется, что прежде всего Суриков взялся за чтение разных материалов по истории стрелецкого бунта и за подготовку этюдов. Картина потребовала большого и долгого труда, и хотя многие этюды были написаны здесь же, в Москве, но в главных типах приговоренных к казни, в рыжеволосом озлобленном стрельце, в измученном пытками бледном чернобородом человеке и в фигурах плачущих женщин Суриков впервые воплотил черты тех, кого он знал и хорошо помнил еще по Красноярску, тех, кого он видал и закованными в кандалы, и на помосте эшафота. Вся Россия знает картину, кто по оригиналу, а кто хотя бы по копиям и всевозможным репродукциям. Поэтому едва ли нужно что-либо о ней говорить. Картина вышла сильная, жуткая и, главное, настоящая историческая. Смотря на нее, чувствуешь, как тяжело всем. Мучительно жаль этих сотен людей, приговоренных к казни, но понимаешь и Петра, который, стиснув зубы и зажав в кулаке поводья, смело смотрит в глаза этим людям, которых он считает заклятыми врагами своего великого дела. Как и в истории, можешь встать на ту или на другую сторону, смотря по тому, куда влекут тебя твои симпатии, но все же видишь, что нет и в истории ни правых, ни виноватых, а есть только ужас таких коллизий, которые не разрешаются без того, чтобы не пролилось море крови.
В живописном отношении, однако, картина не во всем удалась. Она вышла все же чернее, нежели Суриков думал, и он сейчас же сам это увидал:
«Конечно, как только картина была принесена на выставку, я сейчас же увидал, чем она страдала. Больно было это мне ужасно: ведь как никак, а эта картина была уже куском моей жизни, я вложил в нее часть самого себя. И я даже сейчас же понял, почему картина оказалась такою черною. Я сам был в этом виновен.
В смысле зрительного впечатления в картине большое значение имели огоньки свечей, зажженных в руках приговоренных к смерти. Я знал, что эти огоньки, мерцающие в сумерках раннего утра, придадут впечатлению от картины особую жуткость, и я хотел, чтобы эти огоньки в самом деле светились, в самом деле были похожи на мерцающие огоньки. И вот, вместо того, чтобы достигнуть этого контрастом красок, я, не замечая того, придал общему тону картины грязный оттенок. Я достиг впечатления, которого хотел, но за счет общего тона. Да, я сейчас же это понял, но поправить уже ничего было нельзя. Впрочем, надо сознаться, что, выставив картину, я как-то очень скоро к ней охладел...» В мозгу Сурикова горела уже мечта о новой картине - «Боярыне Морозовой». Мысль написать эту картину возникла у него при изучении разных материалов для «Казни стрельцов». Чем больше вчитывался в них Суриков, чем глубже заглядывал он в историю того времени, тем ярче вставала перед его глазами картина непримиримой борьбы, которая шла тогда по всей Руси между двумя началами: консервативным самобытным и прогрессивным, но полным тяготения к чужому, иноземному и враждебному для русского духа. И, точно вспоминая свое прежнее увлечение христианами первых веков, тогдашними проповедниками и мучениками, остановился Суриков на фигуре вдохновенной страдалицы за старую веру. Однако он не сразу взялся за картину и сначала решил написать другую - «Меншиков в ссылке». Тема была навеяна тоже чтением материалов по истории петровского времени. Трагическая фигура временщика, сначала вознесенного из простых людей чуть не на ступени трона, а затем низвергнутого в полярный Березов в ссылку, эта фигура не могла не заинтересовать Сурикова. Но мысль написать картину так и осталась мыслью. Ни общая композиция ее, ни отдельные лица, которые пробовал Суриков набрасывать для картины, ему не удавались. Все, что он набрасывал, не выражало того, что хотелось ему дать в картине. И вот как создалась наконец композиция этой картины.

«Жил я тогда с семьей на даче в Перерве, - рассказывал мне художник. - Дачка была дешевенькая и маленькая. Это была просто одна половина крестьянской избы без печи с низким потолком и крошечными окнами, а осень стояла холодная, дождливая, и мои семейные не на шутку зябли, кутаясь в платки и шубы. Как-то к вечеру, когда уже начинало смеркаться, я возвращался из Москвы. Подошел к даче, вхожу в сени отворяю дверь и... даже замер от удивления, потому что передо мной была как раз та композиция картины, которую я искал. Посреди комнаты, где не так дуло, прямо против окна, у столика сидела, сумерничая жена, а у ног ее куталась в шубу дочь. Против жены, закутанная в теплую кофточку, сидела знакомая барышня и, уткнувшись в книгу, слабо освещенную светом из окна, что-то читала вслух... В тот же вечер я набросал эту группу, как она мне запомнилась, и этот набросок был первым карандашным эскизом «Меншикова».
С переездом в Москву Суриков принялся за большой холст, но сейчас же выросла на пути новая преграда. Хотя композиция картины и вполне определилась в воображении художника и он уже почти записал все полотно, хотя обе дочери Меншикова тоже как-то сразу ясно определились в его воображении и были почти написаны, но лицо самого временщика все-таки оставалось Сурикову неясным. Много раз принимался он чертить его на бумаге, но ничего из этого не выходило. Получалось что-то либо слишком значительное, либо, наоборот, ничтожное. Суриков почувствовал, что ему необходимо найти подходящее лицо в жизни, но где его найдешь, да и где искать. И вот неделя уходила за неделею и - месяц за месяцем, а картина не подвигалась вперед. Вдруг однажды, идя по Страстному бульвару, Суриков увидал высокого старика в старой поношенной енотовой шинели. Из обмотанного на шее шарфа высовывался давно не бритый подбородок с колючками седых волос, а из-под надвинутой на лоб шапки и из-под нависших бровей остро глядели два маленьких недобрых глаза. Черты лица были крупны и резко обозначены. Суриков с радостью почувствовал, что перед ним то именно лицо, какое ему хотелось найти. Оставалось только написать с него этюд и придать лицу сходство с сохранившимися описаниями лица знаменитого временщика. Как, однако, это сделать.